La propuesta de apoyo a estudiantes indígenas surge en el año 2004 ante la Federación de Estudiantes de la Universidad Autónoma de Nayarit, siendo presidente en ese momento Lic. Héctor López Santiago quien mostró mucho interés desde el inicio de la propuesta. Es así como en agosto del mismo año empieza a funcionar lo que en primera instancia se hizo llamar Secretaria de Asuntos Indígenas, que estaba a cargo del estudiante Uvaldo Valdés Castañeda. En esa fecha como primer resultado se gestiono y se obtuvo con el apoyo de la Universidad Autónoma de Nayarit el ingreso a 23 estudiantes indígenas a nivel superior.
Con el cambio del presidente de la Federación de Estudiantes de la Universidad Autónoma de Nayarit, se da una nueva etapa de trabajo y oportunidades con la toma de la presidencia de la FEUAN por parte del licenciado Daniel Maldonado Félix actual presidente, es así, como se da una serie de cambios dentro de la organización y una de ellas es la Secretaria de Asuntos Indígenas que cambia su nombre a Gestión Estudiantil Indígena. Así mismo durante el periodo 2006-2007 estuvo a cargo del estudiante Israel Salvador González en coordinación con el nuevo y actual Secretario de Gestión Estudiantil Indígena Juan Aurelio Carrillo Ríos.
